火影忍者手游中的修罗副本是游戏内高难度挑战的代表，其中佩恩入侵修罗难度和忍界大战修罗团本尤为突出。这两个副本对玩家战力有明确要求，普通难度需400万战力，而修罗难度则需500-600万战力，部分关卡甚至需要1000万以上战力的大佬带队才能通关。佩恩入侵修罗副本的难点集中在畜生道关卡，其血量极厚且限时内难以击败，需要两队平均800万战力的玩家携带查克拉忍具才能勉强通过。
忍界大战修罗团本虽然流程与普通难度相同，但敌人攻击力和防御力显著提升。第三阶段的金角银角攻击力增幅明显，1500万战力玩家也可能被秒杀。最终阶段尾兽化金角新增10次挑战次数限制，若未在规定次数内击败则判定失败。该机制要求低战力玩家避免浪费挑战机会，需将机会留给高战力队友。忍界大战修罗团本未新增忍具，但推测爆率有所提升以匹配难度。
毒风秘境修罗关卡存在特殊机制，需要精确控制技能CD和走位。玩家需在BOSS特定技能读条时使用风卷轴配合分身和天照打断其动作，并在BOSS喷毒阶段保持安全距离。连招过程中还需兼顾风卷轴拾取时机，确保能在关键节点触发控制链。该关卡对操作精度和节奏把控要求极高，容错率较低。
修行之路175关采用双BOSS加治疗忍者的组合，存在石壁障碍分割战场。首要目标是击杀石壁外的医疗忍者以阻断治疗，同时需应对次郎坊的土流壁和鬼童丸的快速走位。建议使用风杀阵聚拢敌人，通过霸体技能抵抗组合技伤害。该关卡考验玩家对多目标控制和集火优先级的选择能力。
伤害测试修罗关卡采用波次防守机制，前三波需在左上角卡位集怪，利用千鸟和豪火龙进行AOE清理。后三波因刷新速度加快需调整站位至左侧中央，通过技能连发快速清场。该模式对忍者选择有特定倾向，疾风传佐助因技能范围优势成为推荐角色。
