自走棋六刺客阵容的一个显著弱点在于其整体脆弱性，惧怕范围控制技能。该阵容的核心输出单位皆为刺客，这类棋子普遍生命值较低、防御能力差。一旦敌方阵容拥有强力的群体控制英雄，如潮汐猎人、美杜莎或船长，其释放的范围眩晕、石化或击飞效果，能同时限制多名刺客的行动。被控制住的刺客在数秒内无法输出且极易成为靶子，导致整个爆发链条中断，从而在敌方反击下迅速溃败。这种对控制技能的极端敏感性是六刺客体系在高水平对局中的主要瓶颈。
该阵容的另一个常见短板是自身缺乏稳定的控制与打断手段，战术容错率较低。刺客的职业特性决定了他们以高额物理暴击伤害为主，绝大多数刺客棋子不具备控制技能。这使得阵容的胜负很大程度上依赖于开场跳跃后能否秒杀关键目标，属于一波流的打法。如果未能迅速削减敌方有生力量，战局进入缠斗阶段，缺乏控制的刺客方会陷入被动。敌方保留下的核心输出或治疗单位可以持续发挥作用，逐渐消耗掉刺客方的前排和刺客本身，最终逆转战局。
六刺客阵容对装备的分配和核心棋子的星级有较高依赖，是其不稳定的内因。阵容的威力需要攻击装备来提升暴击伤害的效果，例如无尽之刃、刺客等装备通常需要集中在像幻影刺客或圣堂刺客这样的核心输出手上。如果装备不合适或未能及时合出关键成装，刺客的秒人能力会大打折扣。核心刺客能否升到三星也极大影响强度，但追三星过程存在经济风险和运气成分。相比之下，一些依靠群体增益或技能效果的阵容对单一棋子星级的依赖相对较小，使得六刺客阵容的战斗力上限与下限波动较大。
面对成型的重型前排或具有特殊机制的阵容时，六刺客阵容往往会显得输出乏力。刺客的攻击逻辑是跳跃至最远距离的敌人身边，这意味着他们会优先攻击后排，但若敌方将关键输出置于前排或采用全员沉底站位，刺客的切入逻辑可能被打乱。当遇到战士、骑士等高护甲单位构成的前排时，纯粹依靠物理暴击的刺客可能会刮痧，无法快速突破防线。而像六精灵体系的高额闪避属性，也能有效克制以普通攻击为主要输出手段的刺客暴击，导致大量攻击被闪避，从而化解其爆发优势。
该阵容在游戏后期的大后期阶段往往面临成长性不足和转型困难的问题。六刺客阵容的强势期通常在中期，依靠人口领先和羁绊快速成型来压制对手。但当对局进入非常后期，其他玩家阵容同样完全成型，且普遍提升到九人口、十人口时，六刺客的爆发优势会被稀释。许多后期强势阵容拥有多个两星甚至三星的橙色品质棋子，这些棋子技能效果强大，生命值也高，刺客难以秒杀。六刺客阵容的补强空间有限，额外增加的人口通常只能用于补充控制或高质量单卡，难以像一些羁绊层次丰富的阵容那样实现质变，因此在巅峰对决中容易后劲不足。
